Elektroniczne faktury znacznie ułatwiły życie przedsiębiorcom. Nie muszą oni już ginąć w stertach papierzysk, podbijać pieczątek, martwić się o sposób dostarczenia faktury. Wystarczy odpowiedni program i dostęp do sieci internetowej po to by móc stworzyć i przesłać dokumenty do każdego klienta. Dzięki temu rozwiązaniu tańsza stała się również obsługa księgowa.

Elektroniczne faktury zmieniły sposób rozliczeń i płatności. Z drugiej strony zmieniła się również metoda archiwizacji dokumentów. Do lamusa odeszły wielkie szafy pełne zakurzonych papierzysk, ponieważ jedyną właściwą formą faktury elektronicznej jest jej postać elektroniczna, a nie papierowy wydruk. W elektronicznej postaci powinna być ona przechowywana i okazywana organom skarbowym do kontroli. E-faktury powinny być przechowywane w Polsce lub na terenie któregoś z państw członkowskich Unii Europejskiej. Poza Unią Europejską nie można archiwizować faktur zgodnie z prawem.

Najczęściej e-faktury przechowywane są na serwerze wystawcy faktury w archiwum elektronicznym. W takiej sytuacji klient ma do nich stały dostęp on-line, na podstawie zawartej umowy o świadczenie usług archiwizowania faktur elektronicznych. Należy jednak pamiętać, że na gruncie prawa podatkowego odpowiedzialność za wywiązanie się z obowiązku właściwego przechowywania faktur ponosi tylko i wyłącznie podatnik.