Koszt wdrożenia systemu ERP to jeden z czynników najważniejszych dla firm zastanawiających się nad implementacją tego typu oprogramowania. Łączny koszt wdrożenia systemu składa się z wielu części składowych tak więc warto wszystko dokładnie sprawdzić i drobiazgowo przeliczyć. Aby uzyskać kwotę całkowitą należy uwzględnić koniecznie koszt platformy sprzętowej, czyli urządzeń takich jak na przykład wirtualne serwery ,  systemy operacyjne serwerów czy też komputery dla poszczególnych użytkowników systemu. Poza tym trzeba oczywiście wsiąść pod uwagę koszty związane z wykupem licencji na oprogramowanie ERP. W skład takiej kwoty powinna wchodzić również opłata maintenance. Oprócz tego do ostatecznej kwoty należy także doliczyć wynagrodzenie dla firmy zajmującej się wdrożeniem systemu.

Firma taka musi przeprowadzić analizę przedwdrożeniową, samo wdrożenie a już po wszystkim powinna również stanowić wsparcie przy starcie produkcyjnym. Ważną częścią wdrożenia jest także przygotowanie użytkowników. Takie szkolenia dla MSP nie należą do najtańszych a ich koszt trzeba oczywiście dołączyć do łącznej ceny wdrożenia. Suma tych wszystkich kosztów daje z reguły już całkiem pokaźną kwotę ale to jeszcze nie koniec. Do łącznej sumy musimy jeszcze doliczyć koszty związane z utrzymaniem sytemu ERP, w tym koszty wewnętrznego i zewnętrznego wsparcia przy eksploatacji systemu.